Adipose tissue/ja: Difference between revisions

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[[DNA microarray/ja|DNAマイクロアレイ]]は、様々な遺伝子の発現レベルを同時に定量化するために使用されるバイオインフォマティクスツールであり、脂肪組織の研究に広く使用されている。そのような研究のひとつに、マイクロアレイ解析とIngenuity IPAソフトウェアを併用し、マウスを28℃と6℃の温度に暴露したときのWATとBATの遺伝子発現の変化を調べたものがある。その後、最も有意に発現が増加した遺伝子と減少した遺伝子が同定され、発現経路の解析に用いられた。その結果、寒冷曝露後にWATで発現が上昇する経路の多くは、BATでも発現が高いことが判明した。例えば、[[oxidative phosphorylation/ja|酸化的リン酸化]]、[[fatty acid metabolism/ja|脂肪酸代謝]]、ピルビン酸代謝などである。このことは、脂肪細胞の一部が6 °Cでベージュ色の表現型に切り替わったことを示唆している。Mössenböckらはまた、マイクロアレイ解析を用いて、[[insulin/ja|インスリン]]欠乏はベージュ脂肪細胞の分化を阻害するが、褐変能力は妨げないことを示した。これら2つの研究は、WATの褐変研究にマイクロアレイを用いる可能性を示している。

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RNAシーケンス（[[RNA-Seq/ja|RNA-Seq]]）は、サンプル内の全遺伝子のRNA発現を定量化できる強力な計算ツールである。RNA-Seqを褐変研究に取り入れることは、他の方法よりも特異性、感度、遺伝子発現の包括的な概観が得られるため、大きな価値がある。RNA-Seqはヒトとマウスの両方の研究で使用されており、遺伝子発現プロファイルに従って褐色脂肪細胞の特徴を明らかにし、褐色表現型を誘導する可能性のある治療分子を同定することを試みている。そのような研究の1つでは、野生型[[wild type/ja|(WT)]]マウスとEarly B-Cell Factor-2（EBF2）を過剰発現させたマウスのWATの遺伝子発現プロファイルを比較するためにRNA-Seqを用いた。トランスジェニック動物のWATは褐色脂肪遺伝子プログラムを示し、WTマウスと比較してWAT特異的遺伝子発現が低下していた。したがって、EBF2は褐色化を誘導する治療分子として同定された。

~~RNA sequencing (~~[[RNA-Seq~~]]) is a powerful computational tool that allows for the quantification of RNA expression for all genes within a sample. Incorporating~~ RNA-Seq ~~into browning studies is of great value, as it offers better specificity, sensitivity, and a more comprehensive overview of gene expression than other methods. RNA~~-Seq has been used in both human and mouse studies in an attempt characterize beige adipocytes according to their gene expression profiles and to identify potential therapeutic molecules that may induce the beige phenotype. One such study used RNA-Seq to compare gene expression profiles of WAT from wild-~~type~~ [[wild type|(WT)]] ~~mice and those overexpressing Early~~ B-Cell Factor-2 (EBF2). WAT from the transgenic animals exhibited a brown fat gene program and had decreased WAT specific gene expression compared to the WT mice. Thus, EBF2 has been identified as a potential therapeutic molecule to induce beiging.

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 [[DNA microarray/ja|DNAマイクロアレイ]]は、様々な遺伝子の発現レベルを同時に定量化するために使用されるバイオインフォマティクスツールであり、脂肪組織の研究に広く使用されている。そのような研究のひとつに、マイクロアレイ解析とIngenuity IPAソフトウェアを併用し、マウスを28℃と6℃の温度に暴露したときのWATとBATの遺伝子発現の変化を調べたものがある。その後、最も有意に発現が増加した遺伝子と減少した遺伝子が同定され、発現経路の解析に用いられた。その結果、寒冷曝露後にWATで発現が上昇する経路の多くは、BATでも発現が高いことが判明した。例えば、[[oxidative phosphorylation/ja|酸化的リン酸化]]、[[fatty acid metabolism/ja|脂肪酸代謝]]、ピルビン酸代謝などである。このことは、脂肪細胞の一部が6&nbsp;°Cでベージュ色の表現型に切り替わったことを示唆している。Mössenböckらはまた、マイクロアレイ解析を用いて、[[insulin/ja|インスリン]]欠乏はベージュ脂肪細胞の分化を阻害するが、褐変能力は妨げないことを示した。これら2つの研究は、WATの褐変研究にマイクロアレイを用いる可能性を示している。
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+RNAシーケンス（[[RNA-Seq/ja|RNA-Seq]]）は、サンプル内の全遺伝子のRNA発現を定量化できる強力な計算ツールである。RNA-Seqを褐変研究に取り入れることは、他の方法よりも特異性、感度、遺伝子発現の包括的な概観が得られるため、大きな価値がある。RNA-Seqはヒトとマウスの両方の研究で使用されており、遺伝子発現プロファイルに従って褐色脂肪細胞の特徴を明らかにし、褐色表現型を誘導する可能性のある治療分子を同定することを試みている。そのような研究の1つでは、野生型[[wild type/ja|(WT)]]マウスとEarly B-Cell Factor-2（EBF2）を過剰発現させたマウスのWATの遺伝子発現プロファイルを比較するためにRNA-Seqを用いた。トランスジェニック動物のWATは褐色脂肪遺伝子プログラムを示し、WTマウスと比較してWAT特異的遺伝子発現が低下していた。したがって、EBF2は褐色化を誘導する治療分子として同定された。
-RNA sequencing ([[RNA-Seq]]) is a powerful computational tool that allows for the quantification of RNA expression for all genes within a sample. Incorporating RNA-Seq into browning studies is of great value, as it offers better specificity, sensitivity, and a more comprehensive overview of gene expression than other methods. RNA-Seq has been used in both human and mouse studies in an attempt characterize beige adipocytes according to their gene expression profiles and to identify potential therapeutic molecules that may induce the beige phenotype. One such study used RNA-Seq to compare gene expression profiles of WAT from wild-type [[wild type|(WT)]] mice and those overexpressing Early B-Cell Factor-2 (EBF2). WAT from the transgenic animals exhibited a brown fat gene program and had decreased WAT specific gene expression compared to the WT mice. Thus, EBF2 has been identified as a potential therapeutic molecule to induce beiging.
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