プロバイオティクス
Probiotic/ja
プロバイオティクスとは、一般的に腸内細菌叢を改善または回復させることによって、摂取することで健康上の利益をもたらすという主張で宣伝されている生きた微生物のことである。プロバイオティクスは一般的に摂取しても安全と考えられているが、まれに細菌-宿主相互作用や望ましくない副作用を引き起こす可能性がある。プロバイオティクスがいくつかの症状に有益であるという証拠はいくつかあるが、プロバイオティクスが主張する健康上の利点の多くについてはほとんど証拠がない。
最初に発見されたプロバイオティクスは、ブルガリアのヨーグルトに含まれるバチルス菌の一種で、ラクトバチルス・ブルガリクスと呼ばれている。この発見は1905年にブルガリアの医師であり微生物学者であるスタメン・グリゴロフによってなされた。現代の理論は、一般的にロシアのノーベル賞受賞者によるとされている。エリー・メチニコフは1907年頃、ヨーグルトを摂取するブルガリアの農民は長生きであると提唱した。
プロバイオティクス市場の拡大により、プロバイオティクスであると主張される微生物がもたらすとされる利益について、科学的実証に対するより厳格な要件が必要とされている。消費者向けプロバイオティクス製品の使用に向けて、胃腸の不快感を軽減する、免疫の健康を改善する、便秘を解消する、風邪を避けるなど、多くの効能が謳われて販売されているが、そのような謳い文句は科学的根拠に裏打ちされておらず、米国では連邦取引委員会によって欺瞞的広告として禁止されている。2019年現在、欧州のプロバイオティクス栄養補助食品メーカーによる多数の健康強調表示の承認申請は、有益なメカニズムや有効性の証拠が不十分であるとして欧州食品安全機関によって却下されている。
定義
2001年10月の世界保健機関（WHO）の報告書では、プロバイオティクスを「適切な量を投与することで宿主に健康上の利益をもたらす生きた微生物」と定義している。この定義に従って、2002年5月に国連食糧農業機関/WHOによって招集されたワーキンググループは、食品中のプロバイオティクスの評価のためのガイドラインを発表した。国連のFAOとWHOによる前述の合同専門家協議の後、利用可能な情報と科学的証拠に基づくプロバイオティクスという用語のコンセンサス定義が採択された。この取り組みは、ヘルスクレームの立証をより明確化するための各国政府および超政府規制機関の要請を伴うものであった。
この最初の世界的な取り組みは2010年にさらに発展し、学術科学者と産業界の代表からなる2つの専門家グループが、プロバイオティクスのヘルスクレームの評価と検証に関する提言を行った。この2つのグループからは、2002年にFAO/WHOが発表した「ガイドライン」と同じ原則が示された。この定義は広く採用されているが、欧州食品安全機関には受け入れられない。なぜなら、測定不可能な健康強調表示を含んでいるからである。
2013年10月、科学専門家グループがカナダに集まり、"プロバイオティクス"という用語の範囲と適切な使用方法について議論し、"適切な量を投与することで、宿主に健康上の利益をもたらす生きた微生物"という定義に調整した。
食品において
生きたプロバイオティクス培養物は、発酵乳製品、その他の発酵食品、プロバイオティクス強化食品の一部である。
食品発酵菌である乳酸菌（LABs）は、食品の腐敗を防ぐ能力を持ち、生息する食品の栄養価を向上させることができる。酸発酵（塩漬けと同様）は、低コストでエネルギーが必要なため、生鮮野菜、穀類粥、牛乳と穀類の混合物を保存する最も実用的な方法のひとつである。
乳酸菌を含む発酵食品には、漬け物、キムチ、ザワークラウトなどの野菜類、サワードウパンや小麦粉やライ麦粉を使わずに作られたパン様製品、穀類や豆類を発酵させて作られたアミノ酸・ペプチド肉風味のソースやペーストなどがある； 発酵した穀類と魚・エビの混合物や発酵肉、テンペ、味噌、醤油などの大豆製品、ヨーグルト、ケフィアなどの乳製品、ビーポーレンなどの非乳製品。
キムチにはロイコノストック属の細菌が含まれている、 パオカイには、L. pentosus, L. plantarum, Leuconostoc mesenteroides, L. brevis, L. lactis, L. fermentum が含まれている。 アジアの発酵果物や野菜に含まれる他の多くの細菌のリストもある。ケフィアには、ラクトバチルス・アシドフィルス、ビフィドバクテリウム・ビフィダム、ストレプトコッカス・サーモフィルス、ラクトバチルス・デルブルエッキイ・サブスピーシーズ亜種bulgaricus, Lactobacillus helveticus, ラクトバチルス・ケフィラノファシエンス, Lactococcus lactis, Leuconostoc 種を含む。バターミルクにはラクトコッカス・ラクティスかL.ブルガリクスが含まれている。コンブチャには、グルコナセトバクター・キシリヌス、ジゴサッカロマイセス属、アセトバクター・パスツリアヌス、酢酸菌、[[Gluconobacter oxydans]などのプロバイオティクスと言われる酸性細菌が含まれている。
副作用
腸内細菌叢の操作は複雑で、細菌と宿主の相互作用を引き起こす可能性がある。プロバイオティクスは安全であると考えられているが、特定のケースでは安全性に懸念を持つ人もいる。免疫不全、短腸症候群、中心静脈カテーテル、心臓弁膜症の患者や未熟児など、一部の人々は有害事象のリスクが高い可能性がある。重症の炎症性腸疾患の患者では、菌血症の結果として、消化管から内臓への生菌の通過（菌転位）のリスクが存在し、健康に有害な結果を引き起こす可能性がある。まれに、免疫系機能が低下している小児やすでに重症の小児がプロバイオティクスを摂取すると、菌血症や真菌血症（すなわち、血液中に細菌や真菌がいる状態）になることがあり、これは致死的な疾患である敗血症につながる可能性がある。
乳酸菌種がヒトの肥満に関与していることが示唆されているが、この関係を示す証拠は見つかっていない。
消費
2015年、プロバイオティクスの世界小売市場価値は410億米ドルであり、これにはプロバイオティクスサプリメント、発酵乳製品、ヨーグルトの売上が含まれ、これらだけで総消費量の75％を占めている。2015年のプロバイオティクス製品の革新は主にサプリメントによるもので、40億米ドルを生み出し、2020年までに世界で37％成長すると予測された。中国におけるヨーグルト製品の消費は、2014年以降、年間20%増加している。
== 規制 2019年現在、欧州食品安全機関は、欧州におけるプロバイオティクス製品のヘルスクレーム（健康強調表示）に関する営利メーカーからの請願を、ベネフィットの原因と結果のメカニズムを示す証拠が不十分であるため、有効性の決定的な証拠がないとしてすべて却下している。欧州委員会は、"プロバイオティクス"という言葉を製品のパッケージに記載することを禁止した。なぜなら、そのような表示は、その健康効果を実証する科学的証拠が存在しないにもかかわらず、製品によって健康上の利益がもたらされると消費者を誤解させるからである。
米国では、食品医薬品局（FDA）と連邦取引委員会（FTC）が、ラベルに病気や症状の治療を謳うプロバイオティクス製品の様々なメーカーに警告書を出し、処罰を科している。食品表示にはFDAの承認が必要であるため、プロバイオティクスメーカーは病気や治療を謳ったとして警告書を受け取っている。FTCは、ヨーグルトやプロバイオティクス乳飲料の欺瞞的な広告や誇大な健康効果の主張に対して、39の異なる州政府によって調整された2100万米ドルの罰金など、懲罰的措置を取っている。
ヨーグルトの表示
米国の全米ヨーグルト協会（NYA）は、製造時に1グラムあたり1億個の細胞を含む冷蔵ヨーグルト製品、または1グラムあたり1,000万個の細胞を含む冷凍ヨーグルト製品に「Live & Active Cultures Seal」を与えている。2002年、FDAとWHOは「賞味期限終了時の各プロバイオティクス菌株の最小生菌数」をラベルに記載するよう勧告したが、数値を記載している企業のほとんどは製造日の生菌数を報告しており、消費時の生菌数よりもはるかに高い可能性がある。保存状態や食べるまでの時間にはばらつきがあるため、消費時にどれだけの活性培養細胞が残っているかを正確に判断するのは難しい。プロバイオティクスの生存率は保存温度に強く依存し、冷蔵保存に比べて室温保存では顕著な生存率の低下が見られた。
歴史
プロバイオティクスは21世紀に入り、製品メーカーや研究機関、消費者から再び注目を集めている。その歴史は、ギリシャ人やローマ人がその摂取を推奨していたチーズや発酵製品の最初の使用にまで遡ることができる。乳製品の発酵は最も古い食品保存技術のひとつである。
ある種の細菌が果たす積極的な役割に関する近代的な仮説の原型は、ロシアの科学者でありノーベル賞受賞者でもあるエリー・メチニコフによって初めて紹介された。エリー・メチニコフは1907年、腸内細菌叢を改変し、有害な微生物を有用な微生物に置き換えることが可能であると示唆した。当時パリのパスツール研究所の教授であったメチニコフは、老化プロセスは大腸で有毒物質を生成する腐敗（タンパク質分解）微生物の活動に起因するという仮説を提唱した。正常な腸内細菌叢の一部であるクロストリジウムなどのタンパク質分解菌は、タンパク質の消化からフェノール、インドール、アンモニアなどの毒性物質を産生する。エリー・メチニコフによれば、これらの化合物は彼が「腸内自家中毒」と呼ぶものの原因であり、これが老齢に伴う身体的変化を引き起こすのだという。
当時、乳酸菌で発酵させた牛乳は、乳糖の発酵によって生じる低いpHのため、タンパク質分解菌の増殖を抑制することが知られていた。メチニコフはまた、ヨーロッパの特定の農村集団、たとえばブルガリアやロシアの草原地帯では、乳酸菌によって発酵させた牛乳を主食として生活している人々が例外的に長寿であることも観察していた。これらの観察に基づき、メチニコフは発酵乳の摂取が腸に無害な乳酸菌を「播種」し、腸内pHを低下させることで、タンパク質分解菌の増殖が抑制されると提唱した。メチニコフ自身、「ブルガリアのバチルス菌」と呼ぶ細菌で発酵させたサワーミルクを食事に取り入れ、自分の健康に役立つと信じていた。パリの友人たちもすぐに彼に倣い、医師たちは患者に酸乳食を処方し始めた。
ビフィズス菌は、パスツール研究所に勤務していたアンリ・ティシエによって、母乳で育てられた乳児から初めて分離された。分離されたBacillus bifidus communisと名付けられた細菌は、後にBifidobacterium属に改名された。ティシエは、ビフィズス菌が母乳で育てられた乳児の腸内細菌叢で優勢であることを発見し、ビフィズス菌で乳児の下痢を治療することによる臨床的利益を観察した。
1917年に赤痢が大流行した際、ドイツのアルフレッド・ニッスルが罹患していない兵士の糞便から大腸菌を分離した。抗生物質がまだ利用できなかった当時、感染症を治療する方法が必要とされており、ニッスルはこの大腸菌 ニッスル 1917株を急性消化器感染症のサルモネラ症と赤痢に使用した。
1920年、レトガーとチェプリンは、後にLactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricusと呼ばれるメチニコフの "ブルガリア菌"がヒトの腸内では生きられないことを報告した。彼らはラットと人間のボランティアにラクトバチルス・アシドフィルスを与えて実験を行った。その結果、病原性原生生物であるバランチジウム・コリやその他のガス産生菌が消失することが確認された。レトガーはさらにL. acidophilusの可能性を追求し、この環境では腸内細菌が望ましい効果をもたらす可能性が高いと推論した。1935年、L. アシドフィルスのある菌株が、ヒトの消化管に移植されると非常に活性を示すことがわかった。
抗生物質とは対照的に、プロバイオティクスは他の微生物の増殖を刺激する微生物由来の因子と定義された。1989年、ロイ・フラーがプロバイオティクスの定義を提案し、広く使用されるようになった： 「腸内微生物のバランスを改善することで、宿主動物に有益な影響を与える生きた微生物飼料」である。フラーの定義は、プロバイオティクスの生存性の要件を強調し、宿主への有益な効果という側面を導入している。
もともと「プロバイオティクス」という言葉は、他の微生物に影響を与える微生物を指していた。プロバイオティクスの概念には、ある微生物が分泌する物質が別の微生物の増殖を刺激するという考え方があった。この用語は、微生物の増殖を刺激する組織抽出物を表すために再び使われるようになった。プロバイオティクスという用語はパーカーによって取り上げられ、彼はその概念を「腸内微生物のバランスに寄与することによって宿主動物に有益な効果をもたらす生物および物質」と定義した。その後、フラーによって定義が大幅に改善され、その説明は今日使われている定義に非常に近いものとなった。フラーはプロバイオティクスを「腸内微生物のバランスを改善することにより、宿主動物に有益な影響を与える生きた微生物飼料サプリメント」と説明した。彼はプロバイオティクスの2つの重要な主張を強調した。プロバイオティクスの生存可能な性質と、腸内バランスを助ける能力である。
その後数十年の間に、ラクトバチルス・ラムノサス、ラクトバチルス・カゼイ、ラクトバチルス・ジョンソニイなど、健康に有益な特性を持つとされる腸内乳酸菌種がプロバイオティクスとして紹介された。
語源
ギリシャ語の語源を示す文献もあるが、「ために」を意味するラテン語の前置詞proと、「生命に適した、生き生きとした」を意味するギリシャ語の形容詞βιωτικός（biōtikos）の合成語と思われ、後者は「生命」を意味する名詞βίος（bios）に由来する。完全な反意語ではないが、語源的には抗生物質という用語と対照的である。関連語であるプレバイオティクスはラテン語の「前」を意味するpraeに由来し、消化されず、むしろ有益な腸内微生物の増殖を促進するために発酵される可能性のある物質を指す。
研究
食品または栄養補助食品として、プロバイオティクスが健康に何らかの効果をもたらすかどうかを評価するための予備的研究が行われている。健康強調表示として欧州食品安全機関に提案されたすべてのケースにおいて、プロバイオティクス製品の摂取と健康上の利益との因果関係を証明するには科学的根拠が不十分である。検査済みの菌株の効果を未検査の菌株に外挿する科学的根拠はない。腸内細菌叢の調整による健康増進は、長期的な食生活の変化に直接関係しているようだ。一部の乳酸菌が一部のヒトの体重増加に寄与するかもしれないという主張は、依然として議論の余地がある。
急性中耳炎
コクラン・レビューで報告された3488人の小児の異なるグループの結果には一貫性がない。また、プロバイオティクスと他の比較対象との間に副作用に関して有意差はない。
アレルギー
プロバイオティクスが牛乳アレルギーの治療に有用であることを示すエビデンスは、限られた質の低いものしか存在しない。2015年のレビューでは、湿疹のある乳児に直接プロバイオティクスを与えたり、母親が妊娠後期および母乳育児中にプロバイオティクスを使用した乳児では、湿疹のリスクが低いという質の低いエビデンスが示された。
喘息
プロバイオティクスの補充が小児喘息に効果があるかどうかは、研究証拠の質が低いため不明である。
抗生物質関連下痢症
抗生物質は小児にとって一般的な治療法であり、抗生物質治療を受けた小児の11％～40％が下痢を発症する。抗生物質関連下痢症（AAD）は、抗生物質治療によって引き起こされる大腸微生物叢の不均衡から生じる。これらの微生物群集の変化は炭水化物代謝の変化をもたらし、結果として短鎖脂肪酸吸収の低下と浸透圧性下痢を引き起こす。2015年のコクラン・レビューでは、小児のAADに対していくつかのプロバイオティクスの保護効果が存在すると結論づけられた。プロバイオティクスをクロストリジウム・ディフィシルの治療に使用することの既知のリスクは、不確実なベネフィットを上回る。
いくつかのメタアナリシスで示されているように、プロバイオティクス治療はAADの発症率と重症度を低下させる可能性がある。例えば、L. rhamnosusを含むプロバイオティクス製剤による治療は、AADのリスクを低下させ、抗生物質治療中の便の硬さを改善し、ワクチン接種後の免疫反応を高める可能性がある。
AAD治療に対するプロバイオティクスの潜在的有効性は、プロバイオティクスの菌株と投与量によって異なる。あるレビューでは、小児にはL. rhamnosusまたはSaccharomyces boulardiiを50～400億コロニー形成単位/日と推奨している。同じレビューでは、重度に衰弱している小児や免疫不全の小児など、有害事象のリスクがある小児集団ではプロバイオティクスの使用を避けるべきであると述べている。
細菌性膣炎
細菌性膣炎のプロバイオティクス治療とは、細菌性膣炎の原因菌の感染を治すために、健康な膣内に見られる細菌種を塗布または摂取することである。この治療法は、健康な女性の70％が膣内の細菌群を支配する乳酸桿菌属の細菌群を持っているという観察に基づいている。乳酸菌の特定の株は、H2O2、乳酸、および/またはバクテリオシンを産生することによってBVの原因菌の増殖を阻害し、および/またはGardnerella vaginalisの膣上皮への付着を阻害し、膣内での感染を防ぐ。現在、乳酸菌の健康な個体群を回復させるためのプロバイオティクスの使用は標準化されていないため、プロバイオティクス治療の成功はまちまちである。 多くの場合、プロバイオティクスの試験と同時に標準的な抗生物質治療が行われる。さらに、民族、年齢、性的パートナーの数、妊娠、細菌性膣炎を引き起こす病原体によって、治療に反応する女性のグループがある。2013年、研究者らは、L. acidophilusやL. rhamnosusなどの過酸化水素を産生する菌株を投与することで、膣内のpHを正常化し、膣内細菌叢のバランスを整え、細菌性膣炎を予防・緩和できることを発見した。
血圧
2017年時点、高血圧と腸内細菌叢との直接的な関連を示す証拠は限られていた。
コレステロール
2002年のメタアナリシスでは、プロバイオティクス株を含むヨーグルトの血清コレステロール値に対する短期（2～8週間）効果を調べた5つの二重盲検試験が含まれ、8. 5 mg/dL（0.22 mmol/L）（4％減少）、血清総コレステロール濃度は7.7 mg/dL（0.2 mmol/L）（5％減少）であった。
うつ病と不安
2019年のメタアナリシスでは、プロバイオティクスがうつ状態と不安をわずかに改善するという質の低いエビデンスが見つかった。2020年のレビューでは、プロバイオティクスはうつ病を改善するかもしれないが、より多くの研究が必要であるとされた。
下痢
いくつかのプロバイオティクスは、様々な胃腸炎の治療法として提案されている。感染性下痢の治療法として、プロバイオティクスは2日以上罹患している人には有益ではなく、全体的に下痢の期間が短くなるという証拠もない。
皮膚炎
プロバイオティクスは、湿疹（皮膚炎）を予防するために授乳中の母親とその幼児に一般的に投与されているが、この目的に対する有効性を示す十分な証拠はない。アトピー性皮膚炎の治療にプロバイオティクスを使用することを支持するエビデンスはほとんどなく、副作用のリスクもある。米国皮膚科学会はこう述べている： 「確立されたアトピー性皮膚炎患者の治療に対するプロバイオティクス／プレバイオティクスの使用は、一貫性のないエビデンスのため推奨されない」と述べている。
血糖コントロール
ランダム化比較試験のメタアナリシスの包括的レビューによると、プロバイオティクスの補充はグルコースホメオスタシスを低下させる。これは、身体が低血糖にならない限り、高血糖値を下げるための効果的な治療法となりうる。
ヘリコバクター・ピロリ菌
乳酸菌（LAB）の一部の株は、標準的な治療法と併用することで、成人のヘリコバクター・ピロリ感染（消化性潰瘍の原因となる）に影響を及ぼす可能性があるが、そのような治療法に関する標準的な医療行為や規制上の承認は存在しない。
Immune function and infections
Some strains of LAB may affect pathogens by means of competitive inhibition (i.e., by competing for growth) and some evidence suggests they may improve immune function by increasing the number of IgA-producing plasma cells and increasing or improving phagocytosis, as well as increasing the proportion of T lymphocytes and natural killer cells. LAB products might aid in the treatment of acute diarrhea and possibly affect rotavirus infections in children and travelers' diarrhea in adults,
Probiotics do not appear to change the risk of infection in older people.
Inflammatory bowel disease
The use of oral probiotic supplements to modify the composition and behaviour of the microbiome has been considered as a possible therapy for both induction and maintenance of remission in people with Crohn's disease and ulcerative colitis. A Cochrane review in 2020 did not find clear evidence of improved remission likelihood, nor lower adverse events, in people with Crohn's disease, following probiotic treatment.
For ulcerative colitis, there is low-certainty evidence that probiotic supplements may increase the probability of clinical remission. People receiving probiotics were 73% more likely to experience disease remission and over 2x as likely to report improvement in symptoms compared to those receiving a placebo, with no clear difference in minor or serious adverse effects. Although there was no clear evidence of greater remission when probiotic supplements were compared with 5‐aminosalicylic acid treatment as a monotherapy, the likelihood of remission was 22% higher if probiotics were used in combination with 5-aminosalicylic acid therapy. Whereas in people who are already in remission, it is unclear whether probiotics help to prevent future relapse, either as a monotherapy or combination therapy.
Irritable bowel syndrome
Probiotics are under study for their potential to affect irritable bowel syndrome, although uncertainty remains around which type of probiotic works best, and around the size of possible effect.
Necrotizing enterocolitis
Several clinical studies provide evidence for the potential of probiotics to lower the risk of necrotizing enterocolitis and mortality in premature infants. One meta-analysis indicated that probiotics reduce these risks by more than 50% compared with controls but that further, large, high-quality trials were needed to inform policy and practice.
Pregnancy
A Cochrane systematic review found no good evidence that probiotics were of benefit in reducing the risk of gestational diabetes, but good evidence that they increased the risk of pre-eclampsia. For this reason, the use of probiotics in pregnancy was advised against.
Recurrent abdominal pain
A 2017 review based on moderate to low-quality evidence suggests that probiotics may be helpful in relieving pain in the short term in children with recurrent abdominal pain, but the proper strain and dosage are not known.
Dry eye
A clinical study investigating the impact of probiotics in relieving the signs and symptoms of dry eye revealed promising results for the ophthalmic formulation of Latilactobacillus sakei, while the oral probiotic demonstrated no discernible benefits.
Urinary tract
There is limited evidence indicating probiotics are of benefit in the management of infection or inflammation of the urinary tract. One literature review found Lactobacillus probiotic supplements appeared to increase vaginal lactobacilli levels, thus reducing the incidence of vaginal infections in otherwise healthy adult women.
General research
Formulations
Supplements such as tablets, capsules, powders, and sachets containing bacteria have been studied. However, probiotics taken orally can be destroyed by the acidic conditions of the stomach. As of 2010, a number of microencapsulation techniques were being developed to address this problem.
Multiple probiotics
Preliminary research is evaluating the potential physiological effects of multiple probiotic strains, as opposed to a single strain. As the human gut may contain tens of thousands of microbial species, one theory indicates that this diverse environment may benefit from consuming multiple probiotic strains, an effect that remains scientifically unconfirmed.
Strains
Only preliminary evidence exists for most probiotic health claims. Even for the most studied probiotic strains, few have been sufficiently developed in basic and clinical research to warrant approval for health claim status by a regulatory agency such as the FDA or EFSA, and 2010年現在[update], no claims had been approved by those two agencies. Some experts are skeptical about the efficacy of different probiotic strains and believe that not all subjects benefit from probiotics.
検査の科学的ガイドライン
第一に、プロバイオティクスは投与時に生きていなければならない。科学文献全体を通して懸念されることのひとつは、特定の研究で観察された結果の大規模な規模での生存率と再現性、使用中や保存中の生存率と安定性、そして最終的には胃酸や腸内生態系での生存能力である。
第二に、プロバイオティクスは、対象宿主における "健康上の利益"を証明するために、管理された評価を受けなければならない。再現可能なヒト試験で、健康上の利益をもたらすことが示された生きた生物を含む製品だけが、プロバイオティクスを名乗ることができる。確かな科学的証拠に裏打ちされた健康効果の正しい定義は、プロバイオティクスの効果を適切に同定・評価するための強力な要素である。プロバイオティクスの使用部位（経口、膣、腸）や適用方法の多様性など、いくつかの困難が生じるため、この側面は科学的・産業的調査にとっての課題である。
第三に、プロバイオティクスの候補は、分類学的に定義された微生物または微生物の組み合わせ（属、種、菌株レベル）でなければならない。プロバイオティクスのほとんどの効果は菌株特異的であり、同じ属や種の他のプロバイオティクスには適用できないことが一般的に認められている。このため、菌株の正確な同定、すなわち被検微生物の遺伝子型および表現型の特徴付けが必要となる。
第四に、プロバイオティクスはその使用目的に対して安全でなければならない。2002年のFAO/WHOガイドラインでは、細菌は一般的に安全と認められているが（GRAS）、プロバイオティクスの安全性は、必要最低限の試験で評価することを推奨している：
- 特定の代謝活性（例：D-乳酸産生、胆汁酸塩脱共役）の評価
- ヒト試験における副作用の評価
- 抗生物質耐性パターンの決定
- 消費者における有害事象の疫学調査（市販後）
- 評価対象の菌株が、哺乳類で毒素を産生することが知られている種に属する場合、毒素産生を試験しなければならない。EUの動物栄養科学委員会（Scientific Committee on Animal Nutrition）により、毒素産生を検査するための1つのスキームが推奨されている。
- 評価対象株が既知の溶血可能性を有する種に属する場合は、溶血活性の測定が必要である。
欧州では、EFSAが食品・飼料製造に使用される微生物種の安全性評価のための市販前システムを採用し、リスク評価の必要性の優先順位を設定している。アセスメントは特定の微生物について行われ、その結果が良好であれば、「適格な安全性推定」のステータスとなる。