5～17nmの大きさを持つHDLは、リポタンパク質粒子の中で最も小さい。脂質に対するタンパク質の割合が最も高いため、最も高密度である。最も豊富なアポリポ蛋白はアポA-IとアポA-IIである。まれな遺伝子変異体であるアポA-1 ミラノは、動脈疾患であるアテローム性動脈硬化症の予防と回復にはるかに効果的であることが報告されている。