カルボキシペプチダーゼはタンパク質を消化する際にペプチド結合を切断する。末端ペプチドと亜鉛に結合したC=O基の間に配位共有結合が形成され、炭素が正電荷を帯びる。これは亜鉛の近くに酵素上の疎水性ポケットを作るのに役立ち、消化されるタンパク質の非極性部分を引き寄せる。