タンパク質では、亜鉛イオンはしばしばアスパラギン酸、グルタミン酸、システイン、ヒスチジンなどのアミノ酸側鎖に配位する。タンパク質におけるこの亜鉛結合（他の遷移金属と同様）の理論的・計算的記述は困難である。