ビタミンDの低レベルは、ヒトの炎症性腸疾患の2つの主要な型と関連している： クローン病と潰瘍性大腸炎である。 ビタミンDの欠乏は炎症性腸疾患の重症度と関連しているが、ビタミンDの欠乏が炎症性腸疾患を引き起こすのか、それとも疾患の症状なのかは明らかではない。