あまり重症でない場合は、補酵素ピリドキサール5'リン酸（PLP）の活性不足に伴う代謝性疾患を呈する。最も顕著な病変は、トリプトファン-ナイアシン変換の障害によるものである。これは、経口トリプトファン負荷後のキサントウレン酸の尿中排泄に基づいて検出できる。ビタミンB6欠乏はまた、メチオニンからシステインへのトランス硫酸化の障害をもたらす。PLP依存性トランスアミナーゼとグリコーゲンホスホリラーゼはビタミンに糖新生における役割を与えるので、ビタミンB6の欠乏は耐糖能障害をもたらす。