アミノ酸が必要量を超えると、肝臓はアミノ酸を取り込み、脱アミノ化する。この過程でアミノ酸の窒素はアンモニアに変換され、さらに肝臓で尿素サイクルを介して尿素に処理される。尿素の排泄は腎臓を介して行われる。アミノ酸分子の他の部分はグルコースに変換され、燃料として利用される。食物のタンパク質摂取量が周期的に多かったり少なかったりする場合、身体は「不安定なタンパク質予備軍」を使ってタンパク質摂取量の日々の変動を補うことで、タンパク質レベルを平衡に保とうとする。しかし、将来必要となるカロリーの予備としての体脂肪とは異なり、将来必要となるタンパク質の貯蔵はない。