消化は通常、胃でペプシノーゲンが塩酸の作用によってペプシンに変換されるところから始まり、小腸でトリプシンとキモトリプシンによって続けられる。 ほとんどのタンパク質は小腸で吸収される前に、すでに1個のアミノ酸か数個のアミノ酸からなるペプチドに還元されている。4アミノ酸より長いペプチドのほとんどは吸収されない。腸管吸収細胞への吸収は終わりではない。そこでほとんどのペプチドは単一アミノ酸に分解される。