ペプチド結合には2つの共鳴形があり、二重結合の性質を助長し、軸周りの回転を抑制するので、α炭素はほぼコプラナーになる。ペプチド結合の他の2つの二面角は、タンパク質の骨格の局所的な形状を決定する。遊離アミノ基を持つ末端はN末端またはアミノ末端として知られ、遊離カルボキシル基を持つタンパク質の末端はC末端またはカルボキシ末端として知られる（タンパク質の配列はN末端からC末端まで、左から右に書かれる）。