抗生物質とは対照的に、プロバイオティクスは他の微生物の増殖を刺激する微生物由来の因子と定義された。1989年、ロイ・フラーがプロバイオティクスの定義を提案し、広く使用されるようになった： 「腸内微生物のバランスを改善することで、宿主動物に有益な影響を与える生きた微生物飼料」である。フラーの定義は、プロバイオティクスの生存性の要件を強調し、宿主への有益な効果という側面を導入している。