感染因子が代謝に及ぼす影響に関する研究は、まだ初期段階にある。腸内細菌叢は、痩せた人と肥満の人では異なることが示されている。腸内細菌叢が代謝能に影響を及ぼす可能性が示唆されている。この明らかな変化は、肥満の一因となるエネルギーの収穫能力を高めると考えられている。このような違いが肥満の直接的な原因なのか、それとも結果なのかは、まだ明確に決定されていない。小児における抗生物質の使用も、その後の肥満と関連している。