メトホルミンは一般的に忍容性が高い。一般的な副作用には、下痢、吐き気、腹痛などがある。メトホルミンは低血糖を引き起こすリスクが小さい。高血中乳酸値（アシドーシス）は、医薬品を過度に大量に使用したり、重度の腎障害のある人に処方した場合に懸念される。