イヌリンはヒトの酵素であるプチアリンとアミラーゼには消化されない。アミラーゼはデンプンの消化に適応している。その結果、消化器系の大部分をそのまま通過する。大腸でのみ、細菌がイヌリンを代謝し、大量の二酸化炭素、水素、メタンを放出する。イヌリンを含む食品は、特にイヌリンに慣れていない人にとっては、かなりガスが出やすくなる。