消化管の表面積は約32平方メートル、バドミントンコートの約半分と推定される。このような大きな面積（皮膚の露出面の3倍以上）を持つ消化管では、病原体が血液やリンパ循環系に侵入するのを防ぐために、これらの免疫成分が機能している。この防御の基本的な構成要素は、腸粘膜バリアによって提供される。腸粘膜バリアは、腸粘膜によって精巧に作られた物理的、生化学的、免疫的要素で構成されている。微生物はまた、腸関連リンパ組織（GALT）からなる広範な免疫系によっても抑えられている。