酵素の中には、完全な活性を示すために追加の成分を必要としないものもある。また、活性を示すために補酵素と呼ばれる非タンパク質分子が結合している必要があるものもある。補因子は無機性（例えば、金属イオンや鉄-硫黄クラスターなど）、または有機化合物（例えば、フラビンやヘムなど）である。例えば、金属イオンは活性部位内の求核種を安定化させるのに役立つ。有機補酵素には、反応中に酵素の活性部位から放出される補酵素と、酵素に強固に結合している補欠基がある。有機補酵素基は共有結合することができる（例えば、ピルビン酸カルボキシラーゼなどの酵素ではビオチン）。