酵素は化学反応を触媒する前に、基質と結合しなければならない。酵素は通常、結合する基質と触媒される化学反応に関して非常に特異的である。特異性は、相補的な形状、電荷、親水性/疎水性特性を持つポケットを基質に結合させることで達成される。したがって酵素は、非常に類似した基質分子を化学選択性、位置選択性、立体特異性に区別することができる。