アルギニン（Arg、R）、リジン（Lys、K）、ヒスチジン（His、H）の3つである。アルギニンは荷電したグアニジン基を持ち、リジンは荷電したアルキルアミノ基を持ち、pH7で完全にプロトン化される。ヒスチジンのイミダゾール基はpKaが6.0であり、中性pHでは10%程度しかプロトン化されない。ヒスチジンは塩基性と共役酸の形で容易に見出されるため、酵素反応における触媒的プロトン移動にしばしば関与する。