イヌリンの主な欠点は腸管内で発酵することで、ほとんどの人が15g/日を超える量を摂取すると、鼓腸や消化不良を起こす可能性がある。消化器系疾患のある人は、フルクトースとイヌリンを食事から取り除くと効果がある。臨床研究では、イヌリンの摂取量が少ないと微生物叢に変化が見られるが、体重に影響を与えるには摂取量を増やす必要がある。