魚は非特異的防御と免疫防御の両方をもつ。非特異的防御には皮膚と鱗、そして表皮から分泌される粘液層があり、これが微生物の成長を捕捉し抑制する。病原体がこれらの防御を突破した場合、自然免疫系が炎症反応を起こし、感染部位への血流を増加させ、病原体を非特異的に破壊しようとする白血球を送り込む。特異的防御は特定の抗原に応答し、例えば病原菌表面のタンパク質を獲得免疫系が認識する。免疫系は新口動物において進化したことが系統樹に示されている。