エンテロコッカス・フェシウムは、エンテロシンA、B、P（属特異的バクテリオシン）を産生することで、大腸菌などの病原性腸内微生物と闘い、宿主の消化器疾患を軽減することができる。抗菌剤耐性のリスクがある抗生物質を家畜飼料に添加する代わりに、エンテロコッカス・フェシウムNCIMB 10415株がプロバイオティクスとして家畜飼料に使用されている。しかし、この微生物に常に大量に暴露されると、IL-8、IL-10、CD86の発現が低下することで免疫抑制が起こり、家畜は重症のサルモネラ菌感染症にかかりやすくなる。