メチルコバラミンはいくつかの細菌によって産生される。環境において重要な役割を果たしており、ある種の重金属のバイオメチル化を担っている。 例えば、猛毒のメチル水銀はメチルコバラミンが作用して生成される。 この役割において、メチルコバラミンは「CH3+」の供給源として機能する。