シアノコバラミン注射の起こりうる副作用には、じんましん、呼吸困難などのアレルギー反応、顔の発赤、腕、手、足、足首または下肢の腫れ、極度の口渇、および下痢が含まれる。重篤でない副作用には、頭痛、めまい、下肢痛、かゆみ、または発疹がある。