トランスアミノ化では、脱プロトン化後にキノノイド中間体が別の位置でプロトンを受け入れ、ケチミンとなる。得られたケチミンは加水分解され、アミノ基が複合体上に残る。さらに、PLPはペルオサミンやデソサミンのような珍しい糖に作用するアミノトランスフェラーゼ（またはトランスアミナーゼ）によっても利用される。これらの反応では、PLPはグルタミン酸と反応し、そのα-アミノ基をPLPに転移させてリン酸ピリドキサミン（PMP）を作る。 PMPはその後、窒素を糖に転移させ、アミノ糖を作る。