ビタミンB6単独での欠乏は比較的まれで、他のビタミンB群との関連で起こることが多い。1型糖尿病の女性や、全身性炎症、肝疾患、関節リウマチ、HIV感染者では、ビタミンB6の濃度が低下しているという証拠が存在する。経口避妊薬の使用や特定の抗けいれん薬、イソニアジド、シクロセリン、ペニシラミン、ヒドロコルチゾンによる治療は、ビタミンB6の状態に悪影響を及ぼす。血液透析はビタミンB6の血漿中濃度を低下させる。