非標準アミノ酸は通常、標準アミノ酸の修飾によって形成される。例えば、ホモシステインは中間代謝産物S-アデノシルメチオニンを介したトランス硫酸化経路またはメチオニンの脱メチル化によって形成され、ヒドロキシプロリンはプロリンの翻訳後修飾によって作られる。