円筋層と縦筋層の間には腸管神経叢がある。これは蠕動運動を制御している。活動はペースメーカー細胞（腸間膜カハール間質細胞）によって開始される。腸は自己完結的な腸神経系により、本質的な蠕動活動（基底電気リズム）を持つ。この速度は残りの自律神経系によって調節することができる。