シタグリプチンによる副作用は、まれに吐き気、感冒様症状、光線過敏症を除き、プラセボと同様である。シタグリプチンは下痢のリスクを増加させない。低血糖の発現には、プラセボとシタグリプチンとの間に有意差は存在しない。スルホニルウレアを服用している患者では、低血糖のリスクが高まる。