合併症は、肥満が直接の原因であるか、あるいは食生活の乱れや座りがちな生活習慣など共通の原因を持つメカニズムを通じて間接的に関連している。肥満と特定の疾患との関連性の強さは様々である。最も強いもののひとつは2型糖尿病との関連である。過剰な体脂肪は、男性では糖尿病の症例の64％、女性では77％を引き起こしている。