タンパク質、ポリペプチド、ペプチド'という言葉は少し曖昧で、意味が重複することがある。一般的にタンパク質は安定したコンフォメーションを持つ完全な生物学的分子を指すのに使われ、ペプチドは一般的に安定した三次元構造を持たないことが多い短いアミノ酸オリゴマーを指す。しかし、両者の境界は明確ではなく、通常20-30残基付近にある。ポリペプチドは、通常、長さに関係なく、アミノ酸の一本の直鎖を指すことができるが、しばしば、定義された立体構造がないことを意味する。