リボフラビンの欠乏は、通常、他の栄養素、特に他の水溶性ビタミンの欠乏とともにみられる。リボフラビンの欠乏は、一次的なもの（すなわち、通常の食事に含まれるビタミン源が乏しいために起こる）と、二次的なものがあり、腸での吸収に影響を及ぼすような病態の結果として起こることがある。二次的欠乏症は通常、体内でビタミンが利用されないか、ビタミンの排泄率が増加することによって起こる。欠乏症のリスクを高める食事パターンには、菜食主義や低乳製品のベジタリアンなどがある。がん、心臓病、糖尿病などの病気は、リボフラビン欠乏症を引き起こしたり、悪化させたりすることがある。