シアノコバラミンは一般に忍容性が高い。軽度の副作用には、下痢、吐き気、胃のむかつき、かゆみなどがある。重篤な副作用には、アナフィラキシー、心不全を引き起こす低血中カリウムなどがある。コバルトアレルギーのある人やレーバー病の人には使用は推奨されない。過量投与や毒性は報告されていない。ビタミンB12欠乏症の治療には、ヒドロキソコバラミンよりもバイオアベイラビリティがやや低いため、あまり好まれない。降圧作用があることを示した研究もある。