酵素の重要な機能は、動物の消化器官にある。アミラーゼやプロテアーゼなどの酵素は、大きな分子（それぞれデンプンやタンパク質）を小さな分子に分解し、腸で吸収できるようにする。例えばデンプン分子は大きすぎて腸から吸収されないが、酵素はデンプン鎖を麦芽糖や最終的にはグルコースのような小さな分子に加水分解し、吸収できるようにする。異なる酵素は異なる食物物質を消化する。草食性の反芻動物では、腸内の微生物が別の酵素であるセルラーゼを産生し、植物繊維のセルロース細胞壁を分解する。