EU加盟28カ国のひとつであるイギリス（UK）のサプリメント業界は、この指令に強く反対した。加えて、英国内の100万人以上を含むヨーロッパ中の多くの消費者、そして様々な医師や科学者が、2005年までに、消費者の選択を不当に制限するものとして反対する請願書に署名した。2004年、英国の2つの業界団体とともに、自然健康同盟（ANH）は食品サプリメント指令に対する法的異議をロンドンの高等法院から欧州司法裁判所に付託された。