魚類は側系統群である。なぜなら、全ての魚類を含むクレード、例えば顎口類や（硬骨魚類の場合は）硬骨魚類は、通常は魚類とは見なされない四肢動物（主に陸上に生息する脊椎動物）のクレードも含むからである。クジラ類や魚竜のような一部の四肢動物は、収斂進化によって二次的に魚に似た体形を獲得している。一方で、Fishes of the World では「四肢動物を含む我々自身は単に修飾された硬骨魚類にすぎないという考えが広く受け入れられつつあり、したがって四肢動物を含む分類群として硬骨魚類を用いることに違和感はない」と述べている。