胃酸を中和する制酸薬物や酸産生を阻害する薬物（プロトンポンプ阻害薬など）は、胃での食物からの放出を妨げることにより、B12の吸収を阻害する。B12吸収不良の他の原因としては、内因性因子の欠乏、悪性貧血、肥満手術による膵機能不全、閉塞性黄疸、熱帯スプルーおよびセリアック病、回腸遠位部の放射線性腸炎などがある。年齢も一因となりうる。高齢者は胃の胃壁細胞の機能が低下しているため、しばしば無胃酸症になり、B12欠乏症のリスクが高くなる。