食品中のビオチンはタンパク質と結合している。消化酵素はタンパク質をビオチン結合ペプチドに還元する。腸内酵素ビオチニダーゼは、膵臓の分泌物や小腸の3つの部分の刷子縁膜に存在し、ビオチンを遊離させ、小腸から吸収される。ビオチンの栄養補助食品として摂取する場合、吸収は非飽和性であり、非常に多量であっても効果的に吸収されることを意味する。空腸を横切る輸送は回腸を横切るよりも速い。