さらに、多くの非標準アミノ酸は特定のコードを持っている。例えば、ボルテゾミブやMG132などのいくつかのペプチド薬物は、人工合成され、特定のコードを持つ保護基を保持している。ボルテゾミブはPyz-Phe-boroLeuであり、MG132はZ-Leu-Leu-Leu-alである。タンパク質の構造解析を助けるために、光反応性アミノ酸アナログが利用できる。これらには光ロイシン（pLeu）や光メチオニン（pMet）が含まれる。