食中毒を引き起こす細菌などの様々なpathogen/ja病原体は、胃や小腸の炎症に起因する胃腸炎を誘発することがある。このような細菌感染を治療するための抗生物質は、消化管のマイクロバイオームの多様性を減少させ、炎症メディエーターをさらに増加させる。胃腸炎は消化管の最も一般的な疾患である。