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RNAシーケンス（RNA-Seq）は、サンプル内の全遺伝子のRNA発現を定量化できる強力な計算ツールである。RNA-Seqを褐変研究に取り入れることは、他の方法よりも特異性、感度、遺伝子発現の包括的な概観が得られるため、大きな価値がある。RNA-Seqはヒトとマウスの両方の研究で使用されており、遺伝子発現プロファイルに従って褐色脂肪細胞の特徴を明らかにし、褐色表現型を誘導する可能性のある治療分子を同定することを試みている。そのような研究の1つでは、野生型(WT)マウスとEarly B-Cell Factor-2（EBF2）を過剰発現させたマウスのWATの遺伝子発現プロファイルを比較するためにRNA-Seqを用いた。トランスジェニック動物のWATは褐色脂肪遺伝子プログラムを示し、WTマウスと比較してWAT特異的遺伝子発現が低下していた。したがって、EBF2は褐色化を誘導する治療分子として同定された。