動物では、アミノ酸はタンパク質を含む食物を摂取することで得られる。摂取されたタンパク質は消化によってアミノ酸に分解されるが、この消化には通常、酸にさらされることによるタンパク質の変性と、プロテアーゼと呼ばれる酵素による加水分解が含まれる。摂取されたアミノ酸の一部はタンパク質の生合成に使われ、他のアミノ酸は糖新生によってグルコースに変換されるか、クエン酸サイクルに供給される。このようにタンパク質を燃料として利用することは、飢餓状態において特に重要である。特に筋肉に含まれるタンパク質がそうである。