リボフラビン欠乏症（リボフラビン症とも呼ばれる）は口内炎を引き起こし、その症状には、唇のひび割れ、口角の炎症（口角口内炎）、喉の痛み、痛みを伴う赤い舌、脱毛が含まれる。目はかゆみ、涙目、充血し、光に敏感になる。リボフラビン欠乏症は貧血を伴う。 リボフラビン欠乏が長期化すると、肝臓および神経系が変性することがある。リボフラビン欠乏は、妊婦の子癇前症のリスクを高める可能性がある。妊娠中のリボフラビン欠乏は、胎児の心臓や四肢の奇形などの先天異常を引き起こす可能性がある。