胚が妊娠4週に達すると、副甲状腺が発達し始める。ヒト胚は5組の内胚葉に囲まれた咽頭袋を形成する。3番目と4番目の袋は、それぞれ下副甲状腺と上副甲状腺に発達する役割を担っている。第3咽頭袋は発達中の甲状腺に出会い、甲状腺葉の下極に移動する。その後、第4咽頭袋が発育中の甲状腺に出会い、甲状腺葉の上極に移動する。妊娠14週目に、副甲状腺は直径0.1～2mmから、出生時には約1～2mmに肥大し始める。発育中の副甲状腺は、妊娠第2期から生理的に機能するようになる。