魚類はほぼ半数が淡水生態系、残り半数が海洋生態系に分布する。淡水魚は約1万5200種、海水魚は約1万4800種が知られている。インド太平洋のサンゴ礁は海洋魚類の多様性の中心であり、大陸の淡水魚はアマゾン、コンゴ、メコンなどの熱帯雨林の大河川流域で最も多様である。ネオトロピカルの淡水域だけで5600種以上が生息し、ネオトロピカル魚類は地球上の全脊椎動物種の約10%を占める。