酵素の中には、触媒反応に直接関与するアミノ酸を持たないものもある。その代わりに、酵素には触媒補因子を結合・配向させる部位が存在する。酵素の構造にはアロステリック部位が含まれることもあり、そこでは低分子の結合によって立体構造変化が起こり、活性が増減する。