医学的な考え方の大きな変化は、特に14世紀から15世紀にかけての黒死病の時期に、科学や医学に対する「伝統的権威」ともいうべき考え方が徐々に否定されていったことである。これは、過去の著名人がそうであるに違いないと言ったのだから、それが真実であり、それに反するものは異常であるという考え方である（これは、ヨーロッパ社会全般における同様の変化と類似していた-コペルニクスによるプトレマイオスの天文学理論の否定を参照）。ヴェサリウスのような医師たちは、過去の学説を改良したり、反証したりした。医学生と専門医の両方が使用した主な書物は、マテリア・メディカと薬局方であった。