プロバイオティクスは一般的に安全であるが、経口投与で使用する場合、消化管から血流に生菌が移行する（菌血症）リスクがわずかにあり、健康上有害な結果を引き起こす可能性がある。免疫不全免疫系の低下、短腸症候群、中心静脈カテーテル、心臓弁膜症、未熟児などの一部の人々は、有害事象のリスクが高い可能性がある。