抗生物質は小児にとって一般的な治療法であり、抗生物質治療を受けた小児の11％～40％が下痢を発症する。抗生物質関連下痢症（AAD）は、抗生物質治療によって引き起こされる大腸微生物叢の不均衡から生じる。これらの微生物群集の変化は炭水化物代謝の変化をもたらし、結果として短鎖脂肪酸吸収の低下と浸透圧性下痢を引き起こす。2015年のコクラン・レビューでは、小児のAADに対していくつかのプロバイオティクスの保護効果が存在すると結論づけられた。プロバイオティクスをクロストリジウム・ディフィシルの治療に使用することの既知のリスクは、不確実なベネフィットを上回る。