平安時代、丹波康頼（912-995）は日本初の医学書である医心方("医の心からの処方箋")を編纂した。多くの中国語のテキストを引用しているが、そのうちのいくつかは後に消滅してしまった。1200年から1600年にかけて、日本の医学はより実践的なものとなった。医師のほとんどは僧侶であり、遣唐使によって伝えられた処方、理論、実践を使い続けた。