より複雑な計算問題は、分子ドッキング、タンパク質フォールディング、タンパク質間相互作用、化学反応性などの分子間相互作用の予測である。これらの動的過程をシミュレートする数理モデルには、分子力学、特に分子動力学が関与している。このような観点から、ビリンヘッドピースやHIVアクセサリータンパク質のような小さなα-ヘリカルタンパク質ドメインのフォールディングを発見したシリコンチップ内'シミュレーションや、標準的な分子動力学と量子力学数学を組み合わせたハイブリッド手法によって、ロドプシンの電子状態が探求されている。